Debido a la fuerte resistencia de los ejércitos del virrey en el sur andino, San Martín solicito apoyo militar al general Simón Bolívar, quien había conducido la emancipación en varios países de América.
Se dice que a fines del año 1822 se dio un encuentro en Guayaquil entre San Martín y Bolívar. Se cree que tocaron temas como la consolidación de la independencia del continente y los sistemas de gobierno adecuados para América. A su regreso, San Martín se entera que los peruanos habían deportado al primer ministro Bernardo de Monteagudo, su mano derecha en el gobierno, acusándolo de enemigo de la patria. Monteagudo se había ganado el odio de muchos peruanos por su estilo arrogante y autoritario. El descontento de muchos se evidenciaba en intrigas contra San Martín a quienes algunos liberales lo acusaban de querer convertirse en Rey del Perú.
Entonces, San Martín convoca a un Congreso Constituyente, tras lo cual presenta su renuncia y abandona el Perú,Antes de abandonar el Perú, sus palabras de despedida fueron: "La presencia de un militar afortunado, por mas desprendimiento que tenga es temible a los Estados que constituyen. Sin embargo, siempre estaré dando sacrificios por la libertad del País y no olviden que yo y mis compatriotas daremos nuestras opiniones y los hijos de mis compatriotas darán el verdadero fallo".
